コマンド入力でapbk[ENTER]すると自動で位相とベースラインが補正される．

スペクトルを縦方向に拡大して、ベースラインが一続きになっていない所があれば直す．

自動処理では、DEPT135°、二次元のHSQC、NOESYで上下が反転していることがある．

ソフトによらず、位相補正のゼロ次の補正はスペクトル全体に効き、一次の補正は周波数に依存した補正になる．

1. スペクトルのシグナルのある領域全体を表示し、縦方向に拡大する．
2. Processメニュー→Adjust Phase→Adjust Spectrum Phase manually を選択し，位相補正モードに入る．ショートカットコマンド .ph[ENTER]でも入れる．タブは見えなくなり、表示領域の左上がとなり位相補正モードに入っていることを示している．
3. 縦の赤いラインが０次基準(pivot)で、0次基準位置を変えたいときは希望の位置で右クリックし、set pivot point を選択する．スペクトルの端の方の大きなピークを基準とするとよい．うまくいかないときは基準位置を変えてみる．
   
4. 基準位置の付近のベースラインが一続きになるように、の上でマウスをドラッグしゼロ次補正をする．
   
5. ついで， の上でマウスをドラッグして，ここから遠い位置のピークの左右のベースラインに着目して一次補正する．
   
6. 必要ならゼロ次と一次をくりかえす．
7. やり直したいときは ，ゼロ次を指定の角度変えるには90や180(上下反転) ，マウスの感度を変えるにはアイコンを使う．
8. をクリックして位相補正を保存してルーチンから抜ける．

1. 溶媒、TMSなど化学シフトの基準にしたいピークを拡大表示する．
2. Process→Calib Axis→Manual Axis Calibration (または.cal)で化学シフトあわせモードに入る．
3. ピークの頂点をクリック、現れるウインドウに化学シフトを入力する．
4. [OK]をクリックして確定する．

化学シフト合わせを行ったら、その前に(自動で)行われたピークピックをやり直す必要がある．

DEPTの化学シフト合わせ

pp[ENTER]して現れるウインドウで感度やスレッショルドを設定し、OKする．PROCPARSタブのPeaksの項目でも同様の設定ができる．

表示させている範囲のピークを拾うか、全体のピークを拾うかを切り替えられる．

CY[rel]に対する最小値のMIと、ノイズに対する感度のPCのいずれか大きい方の基準でピークが拾われる．MAXIを小さくすると大きなピークを拾わないようになる．負のピークも拾いたいとき(DEPT135など)はPSIGNをbothにする．

拾えなかったピークを拾うには

Analyse→Pick Peaks→Manual-Peak Pickingとしてピークピックモードに入る． がピークピックモードであることを示している． 以下はそれぞれのアイコンをクリックして背景色が濃くなればその操作ができ，もう一度クリックすればマウスの動作はスペクトルを拡大等になる．

アイコンをクリック→マウスドラッグでピークを拾う．このときの閾値と感度は上記で設定した通りになる．それ以下のピークを拾うには、 →右クリック→Add Peak To Listするとそのカーソル位置が拾われる．すべて，または一部のピークピックを取り消すときは， を使う．

をクリックして保存して抜ける．

ピークテーブルは，PEAKSタブで表示する．TopSpinメニューバーのファイルメニューのExportから、または、PEAKSタブの表示領域で右クリックしたメニューから、ファイルへの書き出しなどを行う．CSVで保存すればスプレッドシートで開ける．

すでに(自動で)行われた積分の変更も．

Analyse→Integral→Manual-integrate、またはAnalyse→Integral▼をクリック、または.int[ENTER]として積分モードに入る．

が積分モードであることを示している．それぞれのアイコンをクリックして背景色が濃くなればその操作ができ，もう一度クリックしてどこも灰色が濃くなければ、マウスの動作はスペクトルの拡大等になる．

ドラッグして積分する．積分曲線を切る．積分曲線のベースライン位置や縦方向の拡大を変更するにはを使う． 積分を消したいとき，積分比を設定したいときは，積分曲線上で右クリックして現れるメニューで操作する． 保存して抜ける場合は、をクリックする．

Spectrumタブで積分曲線や積分比の表示を変えるには、スペクトル表示領域で右クリック→Spectra Display Preferenceを設定する．

積分結果はINTEGRALSタブで表示し、Peaksタブと同様にexport等を行う．

二次元の上、左に1Dスペクトルを表示することができる

測定したPC以外でデータを扱う際、Spectrumタブでは良いように見えても、Plotタブでは表示されないことがある．このときも、以下のa,bいずれかの手順で指定し、Spectrumタブからコマンドplot[ENTER]するとなおる．

1. 表示させたい領域から指定する
   1. Spectrumタブで、二次元スペクトルに表示されている一次元スペクトルを右クリックし、External Projection(1Dスペクトル)を選択する．
   2. 1Dスペクトルの場合はさらにBrowseするか，直接データ名、ExpNo.、ProcNo.を入力する．
   3. 1でInternal Projectionを選ぶと、プロジェクション、二次元の投影を表示する．
      
      
2. 表示させたいデータから指定する
   1. Spectrumタブで、左側のData一覧で表示させたい一次元スペクトルを右クリック、
   2. Display As 2D Projectionを選択し、表示させたい位置を選ぶ．F1が縦軸、F2が横軸である．
      
      

1D参考スペクトルを縦拡大したいときは、スペクトルの斜め上にある□をクリックして■の状態にしてから、1Dスペクトルの要領で行う． F1、F2とも1Dスペクトルが選択されていない(□)場合は、その操作は2Dスペクトルに対して作用する．Plotタブでもほぼ同様にできる．

二次元の化学シフトあわせ

化学シフトを合わせたいピークを拡大しておいてから、Process→Calib Axis すると、カーソルが表れる． ピーク中央でクリックすると化学シフトを入力するウインドウが表れるので、数値(一次元スペクトルで読み取る)を入力してOKする．

化学シフト合わせの別法

化学シフト合わせに関係するパラメータは、ProcParsタブの中のoffset[ppm]、SR[Hz]であり、一方を変えると他方も変変化し、化学シフト合わせの状態も変わる．

• offset値はそのスペクトルの一番化学シフトの大きいほうの端の化学シフトで、測定によって変わることがある．
• SR値は同じ核種でロックの状態が同じなら別の測定でも同じ値となる．

一次元の化学シフトを合わせた後のSRの値を二次元スペクトルの同じ核の軸に設定すれば二次元スペクトルの化学シフトが合わせられる． また、DEPTスペクトルに、13C一次元測定で溶媒ピークで化学シフトを合わせたのちのSR値を設定すると化学シフトが合う．

二次元の位相補正(HSQC, NOESY)

下図は青が正，赤が負である．

1. Processメニュー→Adjust Phase→Adjust Spectrum Phase manually を選択し，位相補正モードに入る．
2. 二次元スペクトルのピーク上で右クリックして現れるメニューでAddを選択する．この位置のスライスが登録される。遠いピーク付近で同様に行う．
   
   
3. 位相を合わせたい向きにより横(row)あるいは縦(col) のアイコンをクリックすると、登録したスライスが表示される．
   
   
4. 一次元の位相あわせと同様に位相を合わせる。NOESYは対角ピークが負になるようにあわせる．で保存してrow/colの補正モードから抜ける．必要なら縦横両方向補正する．

二次元位相補正できないとき

書き出し(PDF・紙)

PLOTタブをクリックする．

Layoutの右の をクリックしてレイアウトファイルを選択する．レイアウトファイルはカスタマイズして保存しておくことも可能．PDFや紙で保存する場合、かならずパラメータをつける．二次元で縦方向にも1Dスペクトルを貼り付けるには2D_2pro.xwpを元にすると良い．

必要ならPrinterを設定する．

スペクトルをクリックすると緑色の■が現れ，左のメニューもスペクトル編集用に変化する．この状態でのスペクトルの拡大は，SPECTRUMタブと同様に行える．2Dスペクトルで1D部分をクリックするとその部分が編集可能となる．選択解除はSpectrumタブとは異なり、別の部分を選択する．

メニューの青文字をクリックすると，サブメニューが開き，書き出し範囲などを設定する．

変更が思った通りに反映されない場合、Spectrumタブに戻り、コマンドplot[ENTER]する．

Printの右の をクリックして印刷するか、TopSpinのメニューバーの （File）からExportを選択、保存したいフォルダまで移動して、Filenameに　保存する名前を拡張子つきでと入力しOKする．保存する形式は、拡張子で判定される．

PlotタブのAutomation actions

Plotタブは開くたびに表示範囲がリセットされる設定(下図左)になっていることがある．これは多くの似たサンプルの条件をそろえて自動で書き出しするときには便利な設定で、範囲のスペクトル左端と右端のppm設定(FP1, FP2)はProcParsタブの値に従う．

この設定が不便な場合、下図中央のようにXやYをDon’t changeにして、Apply Nowしてから、レイアウトファイルをSave asし、これをLayoutに設定すると良い．それでもタブを開くと表示はリセットされやすいので、一気に描き上げる方がよい．

(参考)ファイルメニューからのいろいろな出力

Print：表示しているタブをそのまま印刷する．Spectrumタブを開いた状態でPrintすると見づらい．

Plot : ProcParsタブのレイアウトファイルとPlotタブのAutomation設定に従ってPlotタブ内を作成して印刷する(自動測定で印刷する設定にしているときと同じ挙動)．

Export :出力ファイル形式を拡張子で指定する．

他機種のデータを開くには

JEOL EX-270で保存したスペクトルデータ(*.als)は、EX270のExcaliburでデータをJCAMP形式に変換しておく必要がある．

FIDデータ(*.gxd) やそれ以降のJEOL装置のデータ(*.nmf, *.bin)はOpenからFile Type=JNMRとして開く．

*.alsをJCAMP形式に変換する

1. EX270のExcaliburでFile→File Convertを選択
2. Select Open file　をクリックし変換元のファイルを指定
3. Select Save folder をクリックして変換後の保存場所を選択し，ファイルの種類をJCAMP-DXとして，「開く」をクリック
4. File convert ウインドウのConvertをクリックする．File Convert Endのウインドウが出たらOKする．

TopSpinでJCAMP形式のデータを開く

1. TopSpinのFileメニュー→Open
2. Open NMR data stored in special formats を選択，File type をJCAMP-DXとする．
3. 現れるウインドウでJamp fileの右の入力領域にカーソルを入れてBrowseをクリック，JCAMPファイル(拡張子dx)を選び，OKする．下のDIR＝に指定したフォルダにファイルができ，スペクトルが表示される．
4. 変換後のデータは階層構造がなく，Data領域から右クリックでは開けないが，File→Open　や，二次元データ表示中の一次元ファイル選択画面でDIR＝に指定したフォルダにある，dxファイルと同じファイル名のデータを指定すれば開く．Openの場合，Open NMR data stored in standard Bruker format)にチェックを入れてBrowseする．