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専門用語

植物学用語集
日本植物学会の植物学用語集のページ

ライフサイエンス辞書プロジェクト
生命科学分野の専門用語に関する英和・和英辞書
用例や共起表現が充実

塩基配列・アミノ酸配列解析

総合遺伝子解析ソフトウエア

BioEdit おすすめ
無償　Windows対応
DNAまたはアミノ酸配列を使った一通りの解析が可能。Local BlastもOK!
Bioedit Installation
BioEdit Input Output sequence Files
Sequence editing in Bioedit
Bioedit ClustalW 1

CLC Sequence Viewer　おすすめ
無償　 Mac, Win対応
Local Blastができないの残念だが、Macユーザーにはオススメしたい。
MacユーザーがGUI環境でLocal Blast解析する場合は、GenoemMatcher を使うことをお勧めします。
導入から基本操作まで
配列入手から系統樹作成まで
制限酵素切断地図の作成

NCBI Genome Workbench
無償　 Mac, Win対応

ApE
Mac, Win対応
ApE(A plasmid Editor)を利用してプラスミドを設計する

Serial Cloner
Mac, Win対応

DNA Dynamo
Mac, Win対応（有償 $249, a licence for one PC; $649, a licence for 4 PCs）
無料デモ版あり

分子系統解析・塩基多型解析ソフトウェア　

MEGA　おすすめ
分子進化、分子系統解析ソフトウェア　Mac, Win対応
MEGAを使って配列アラインメントおよび系統解析をする
配列のアラインメント
分子進化の統計モデル

DnaSP
塩基多型の解析ソフトウェア　基本的にWin対応

BLAST解析

BLAST+
インストーラの保管場所　blast/executables/blast+
Mac用のインストーラ　"ncbi-blast-2.3.x+.dmg"
Local BLAST の使い方〜導入・準備編（MacOSX版）
Local BLAST の使い方〜検索実行・オプション編（MacOSX版）

SequenceServer
BLAST+をブラウザーで動かすソフト．BLAST+がGUIになる．
以下、動画解説
https://youtu.be/3q51APEECbM?t=0m09s
https://youtu.be/3q51APEECbM?t=1m34s
https://youtu.be/3q51APEECbM?t=2m37s
https://youtu.be/3q51APEECbM?t=5m22s
https://youtu.be/3q51APEECbM?t=7m49s

その他

GeneStudio　おすすめ
シーケンスアセンブラー（サンガー対応）Windows対応
統合TVに、動画の解説がある．

GenoemMatcher　おすすめ
無償　 Mac対応
東北大学の研究室が開発したソフト
ゲノム情報やゲノム配列の比較解析結果を可視化するのに便利なツールが搭載されている。
Local Blastもできる！

Chromas
ABI 波形ファイルが扱える．Win対応

4peaks
ABI 波形ファイルが扱える．Mac対応

プライマー・マーカー設計

dCAPS Finder 2.0
dCAPS, CAPSマーカー設計ツール

 OligoAnalyzer 3.1

反復配列同定

RepeatMasker Home Page
反復配列の同定ツール

Microsatellite repeats finder

SSR finder

Tandem Repeats Finder

LTR_Finder

次世代シーケンサー関係

DDBJ Read Annotation Pipeline

Integrative Genomics Viewer (IGV)
無償　 Mac, Win対応
マッピング結果の可視化に使う．
統合TVに、動画の解説がある．
基本編
マッピング結果の可視化

Tablet—next generation sequence assembly visualization
マッピング結果の可視化に使う．IGVよりも見やすいが，複数のマッピング結果を同時に見ることができない．

連鎖解析・QTL解析

MapMaker/EXP 3.0

AntMap

MAPMAKER/QTL

CarthaGene

Windows QTL Cartographer

R/qtl

統計解析

R
統計解析ソフト Mac, Win，Linux対応

R による統計処理

画像解析

ImageJ

Micro-Manager
顕微鏡やCCDカメラを制御するのためのソフトウェア（ImageJのplug in）

遺伝資源

USDA - National Plant Germplasm System

農業生物資源ジーンバンク

Genebank Information System of the IPK Gatersleben

CGN Germplasm Orderservice - Online search and order germplasm

その他

統合TV
生命科学分野の有用なデータベースやツールの使い方を動画で紹介するウェブサイト

Cyberduck
FTPクライアントソフト

KompoZer
無料ホームページ作成ソフト

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