環境DNAやゲノミクス、分子集団遺伝学、保全遺伝学の手法を用いた研究プロジェクトを推進しています。

• 水圏生物の環境DNA解析プロジェクト
• 北太平洋生物多様性探索プロジェクト
• 世界の遺伝的多様性レポート
• サケの環境適応プロジェクト
• 野生ザケの実態解明プロジェクト
• 野生・放流魚における種内相互作用とその影響
• 絶滅危惧種イトウの保全プロジェクト
• 知床オショロコマの遺伝子浸透と進化
• 希少種のステータス検証プロジェクト（シシャモ、イシカリワカサギ、etc.）
• 外来生物・広域分布調査プロジェクト（ミンク、アライグマ、ブラウントラウト、ウチダザリガニ etc.）