ルーメン細菌の生態や機能を探求する基礎研究に大活躍してくれています。現在6頭いますが学生がもちまわりで365日の世話をします。Fibrobacter,
Ruminococcus, Selenomonasおよび 難培養性未知菌群などに関して活発に取り組んでいます。次の新発見はいったい誰がやってくれるでしょう？
得られた成果(2000年以降)：
An,
B.K., C.W.Kang, Y.Izumi, Y.Kobayashi and K.Tanaka. Effects of dietary fat
sources on occurrences of conjugated linoleic acid and trans fatty acids in rumen contents. Asian-Australasian Journal of
Animal Sciences, 16:222-226. 2002.
Selim,
A.S.M., K.Ueda, Y.Kobayashi and K.Tanaka. Postprandial changes in particle
associated ruminal bacteria in sheep fed ammoniated rice straw. Animal Feed
Science and Technology, 102:207-215. 2002.
Kobayashi,
Y. and M.Yamamoto. Factors that limit the maintenance of recombinant rumen
bacterium in sheep rumen. Animal Science Journal, 73:131-136.2002.
Kobayashi, Y., Recombinant rumen bacteria: problems
and opportunities （総説）. Nutrition Abstracts and Reviews,
73:51-59.2003.
Selim, A.S.M.,
J. Pan, T. Takano, T. Suzuki, S. Koike, Y. Kobayashi and K. Tanaka.
Effect of ammonia treatment on physical strength of rice straw, distribution of
straw particles and particle-associated bacteria in sheep rumen. Animal Feed
Science and Technology, 115:117-128. 2004.
Koike, S., J.Pan, T.Suzuki, T.Takano, C.Oshima,
Y.Kobayashi and K.Tanaka. Ruminal distribution of the cellulolytic bacterium Fibrobacter succinogenes in relation to
its phylogenetic grouping. Animal Science Journal, 75:417-422.
Taguchi, H., S.Koike.
Y.Kobayashi, I.K.O.Cann and S.Karita, Partial characterization of structure and
function of a xylanase gene from the rumen hemicellulolytic bacterium Eubacterium ruminantium. Animal Science
Journal, 75：325-332. 2004.
Sawanon, S. and Y.Kobayashi.
Synergistic fibrolysis in the rumen by cellulolytic Ruminococcus
flavefaciens and non-cellulolytic Selenomonas ruminantium : evidence
in defined cultures. Animal Science Journal, in press.
野性動物は家畜と違い食餌条件が大きく変動し、とくに冬には木質繊維主体で乗り切ります。そのようなシカの消化管には家畜にはみられない機能的な微生物が共生している可能性大です。繊維分解するものとタンニン分解するものについて研究していますが、こんな研究は当分野しかできません。フィールドは知床と洞爺湖です。
得られた成果(2000年以降)：
Ichimura, Y., H.Yamano, T.Takano,
S.Koike, Y.Kobayashi, K.Tanaka, N.Ozaki, M.Suzuki, H.Okada, M.Yamanaka,
Rumen microbes and fermentation of wild sika deer on the Shiretoko peninsula of
Hokkaido island, Japan. Ecological Research,
19:389-395. 2004.
あたらしい食物線維（ヒツジでは効果あり）をヒトにも応用できないかの前検討としてラットを飼って、大腸環境の変化（発酵産物の有機酸や腸内菌叢）を見ています（創成科学研究機構との研究）。エゾシカもしかり、ヒトを見すえた実験小動物もしかり、当分野はもはや家畜だけにはとどまりません。
得られた成果(2000年以降)：
まだ始まったばかりなのでこれからです。
あたらしい飼料原料や添加物を、ウシおよびウシルーメンを模倣した人工ルーメンを使って評価しています。研究対象はコーンサイレージの破砕処理、プロバイオティクス（有用生菌製剤）やプレバイオティクス（有用菌増殖促進物質）、抗生物質の様の働きをする天然物質などです。効率的かつ安全・健康な家畜生産につながる応用研究です。
得られた成果(2000年以降)：
Pan,J., T.Suzuki, S.Koike, K.Ueda, Y.Kobayashi,
K.Tanaka, and M.Okubo. Effects of urea infused into the rumen on liquid- and
particle-associated fibrolytic enzyme activities in steers fed low quality
grass hay. Animal Feed Science and Technology, 104:413-27.
2003.
Pan, J., S.Koike, T.Suzuki,
K.Ueda, Y.Kobayashi, K.Tanaka, and M.Okubo. Effect of mastication on degradation
of orchardgrass hay stem by rumen microbes: fibrolytic enzyme acitivities and
microbe attachment. Animal Feed Science and Technology, 106:69-79. 2003.
Kobayashi, Y., Recombinant rumen
bacteria: problems and opportunities （総説）. Nutrition Abstracts and Reviews,
73:51-59.2003.
Kobayashi, Y., M.Sato, H.Taguchi,
S.Koike, H.Nakatsuji, K.Tanaka.
Molecular detection of verotoxigenic Escherichia
coli (VTEC) from animal feces for screening VTEC-shedders. Asian-Australasian
Journal of Animal Sciences, 17:423-427. 2004.
Kobayashi,
Y., S.Koike, H.Taguchi, H.Itabashi, D.K.Kam and J.K.Ha. Recent advances in gut microbiology and their
possible contribution to animal health and production （総説）. Asian-Australasian Journal of Animal Sciences, 17:877-884. 2004.
オリゴ糖を与えると腸内環境が安定する（健康維持につながる）のはヒトだけではなく馬も同じことがわかってきました（北大馬術部との研究）。また和種馬はサラブレッドなどと違い粗飼料利用ですぐれると言われてきましたが、大腸の発酵産物や微生物、おまけに大腸の容積比において優れていることをみつけました（静内研究牧場との研究）。
得られた成果(2000年以降)：
Koike, S., Y.Shingu, H.Inaba, M.Kawai,
Y.Kobayashi, H.Hata, K.Tanaka and M.Okubo. Fecal bacteria in Hokkaido native
horses as characterized by microscopic enumeration and competitive polymerase
chain reaction assays. Journal of Equine Science, 11:45-50, 2000.
Kobayashi, Y., S.Koike, M.Miyaji,
H.Hata and K.Tanaka. Hindgut microbes, fermentation and their seasonal
variations in Hokkaido native horses compared to light horses. Ecological
Research, in press..